分子ソフト&インフォマティクス
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遺伝的アルゴリズム [いでんてきあるごりずむ] |
QSAR: 化学材料探索のためのワークフローソリューション |
界面活性剤 [かいめんかっせいざい] |
MesoProp: 多成分系やナノ構造材料系のバルク特性を予測 |
化学平衡 [かがくへいこう] |
MesoDyn: 複雑な流体をメソスケールで動力学的にシミュレーション |
カーボンナノ [かーぼんなの] |
Mesocite: 粗視化分子動力学と散逸粒子動力学 (DPD) を使用してメソスケール構造をシミュレーション QMERA: 量子力学計算と分子力学計算のハイブリッド法によるシミュレーションツール |
ガウス鎖 [がうすくさり] |
Mesotek: 複雑流体系研究のための場ベースのシミュレーション法 |
ガラス [がらす] |
Amorphous Cell: 複雑な非晶構造モデルを構築し重要な物性を予測 GULP: 力場ベースの格子計算プログラム ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム |
キナーゼ [きなーぜ] | 該当なし |
吸着 [きゅうちゃく] |
Sorption: 吸着性シミュレーションプログラム |
極性 [きょくせい] |
ADMET Descriptors: ADMET特性向上のための分子設計支援 DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 DS LibDock: 受容体の結合サイトの極性/無極性を使用し、効率のよいドッキングを実行 Mesocite: 粗視化分子動力学と散逸粒子動力学 (DPD) を使用してメソスケール構造をシミュレーション Morphology: 結晶の分子構造から結晶形態を予測 |
擬ポテンシャル法 [ぎぽてんしゃるほう] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム |
クラスタ [くらすた] |
Conformers: 分子のポテンシャルエネルギー表面を簡単に探索 DS Analysis: MDトラジェクトリを解析 DS Catalyst SBP: 創薬プロセスのごく初期の段階で副作用の可能性を把握可能 DS Flexible Dockin: 正確な受容体サンプリングと、効率よい特性ベースのドッキングを組み合わせ DS LibDock: 受容体の結合サイトの極性/無極性を使用し、効率のよいドッキングを実行 DS Library Design: 化学ライブラリ設計に特化した、クラスタリング手法を備えたツール群 DS LigandFit: リガンドコンフォーマのサンプリングと、リガンドと結合サイトの形状に基づくドッキングを実行 DS LigandScore: リガンド-タンパク質の相互作用を評価 DS Protein Docking: タンパク質-タンパク質構造の相互作用を予測 DS Protein Families: タンパク質ファミリーでの配列保持パターンを解析 DS Sequence Analysis: 対象になる配列と既知タンパク質の配列を比較 ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム QMERA: 量子力学計算と分子力学計算のハイブリッド法によるシミュレーションツール |
結晶 [けっしょう] |
Morphology: 結晶の分子構造から結晶形態を予測 Motif: 分子結晶における水素結合トポロジの情報を分析 Polymorph Predictor: 化合物の構造から直接その多形を予測 Sorption: 吸着性シミュレーションプログラム |
光学特性 [こうがくとくせい] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム |
格子 [こうし] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム Forcite Plus: 多様な系における分子動力学研究を支援 GULP: 力場ベースの格子計算プログラム Morphology: 結晶の分子構造から結晶形態を予測 ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム Polymorph Predictor: 化合物の構造から直接その多形を予測 Reflex QPA: 混合物中の異なる相の相対的比率を決定 X-Cell: 様々なIndexingの問題を考慮にいれたユニットセル検索が可能 |
構造活性相関 [こうぞうかっせいそうかん] |
DS TOPKAT: 実験や動物モデルによって化合物の性能を評価可能 QSAR: 化学材料探索のためのワークフローソリューション |
構造決定 [こうぞうけってい] |
DS MODELER: ホモロジーモデリングツール DS X-ray: X線構造解析から得られる複雑なデータの解析を支援 NMR CASTEP: NMR解析プログラム 磁気共鳴特性を第一原理に基づいて予測 X-Cell: 様々なIndexingの問題を考慮にいれたユニットセル検索が可能 |
構造最適化 [こうぞうさいてきか] |
DS X-ray: X線構造解析から得られる複雑なデータの解析を支援 Forcite Plus: 多様な系における分子動力学研究を支援 |
構造物性相関 [こうぞうぶっせいそうかん] |
Synthia: 物性予測プログラム |
高分子材料 [こうぶんしざいりょう] |
Blends: 液~液、ポリマ-~ポリマー、添加剤~ポリマー系の相図や相互作用パラメータを予測 |
混合物 [こんごうぶつ] |
Blends: 液~液、ポリマ-~ポリマー、添加剤~ポリマー系の相図や相互作用パラメータを予測 MesoDyn: 複雑な流体をメソスケールで動力学的にシミュレーション Reflex QPA: 混合物中の異なる相の相対的比率を決定 Sorption: 吸着性シミュレーションプログラム |
コンフォメーション [こんふぉめーしょん] |
DS Catalyst Conformation: コンフォメーションモデルを迅速に算出 DS Flexible Dockin: 正確な受容体サンプリングと、効率よい特性ベースのドッキングを組み合わせ DS LibDock: 受容体の結合サイトの極性/無極性を使用し、効率のよいドッキングを実行 DS MODELER: ホモロジーモデリングツール DS Protein Refine: タンパク質構造のループ領域を最適化 |
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酸化防止剤 [さんかぼうしざい] |
Blends: 液~液、ポリマ-~ポリマー、添加剤~ポリマー系の相図や相互作用パラメータを予測 |
周期境界条件 [しゅうききょうかいじょうけん] |
DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 GULP: 力場ベースの格子計算プログラム |
触媒 [しょくばい] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム QMERA: 量子力学計算と分子力学計算のハイブリッド法によるシミュレーションツール |
水素結合 [すいそけつごう] |
DS Analysis: MDトラジェクトリを解析 DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 Motif: 分子結晶における水素結合トポロジの情報を分析 |
スピノーダル [すぴのーだる] |
Blends: 液~液、ポリマ-~ポリマー、添加剤~ポリマー系の相図や相互作用パラメータを予測 |
セラミックス [せらみっくす] |
Blends: 液~液、ポリマ-~ポリマー、添加剤~ポリマー系の相図や相互作用パラメータを予測 CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム |
遷移状態 [せんいじょうたい] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム GULP: 力場ベースの格子計算プログラム ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
相図 [そうず] |
Blends: 液~液、ポリマ-~ポリマー、添加剤~ポリマー系の相図や相互作用パラメータを予測 Mesotek: 複雑流体系研究のための場ベースのシミュレーション法 |
創薬 [そうやく] |
DS Catalyst Conformation: コンフォメーションモデルを迅速に算出 DS Catalyst SBP: 創薬プロセスのごく初期の段階で副作用の可能性を把握可能 DS De Novo Ligand Builder: 創薬ターゲットとなる化合物のリストを迅速に作成 DS Ludi: フラグメントライブラリからフラグメントの配置やスコアリングを実行 DS Protein Aggregation: タンパク質上の凝集しやすい部位の大きさと場所を特定 |
粗視化 [そしか] |
Mesocite: 粗視化分子動力学と散逸粒子動力学 (DPD) を使用してメソスケール構造をシミュレーション Mesotek: 複雑流体系研究のための場ベースのシミュレーション法 |
タンパク質 [たんぱくしつ] |
ADMET Descriptors: ADMET特性向上のための分子設計支援 CFF Advanced Class II Forcefield: DNA、RNA、炭水化物、脂質、タンパク質等のモデルを最適化 DS Analysis: MDトラジェクトリを解析 DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 DS LigandScore: リガンド-タンパク質の相互作用を評価 DS MODELER: ホモロジーモデリングツール DS Protein Aggregation: タンパク質上の凝集しやすい部位の大きさと場所を特定 DS Protein Docking: タンパク質-タンパク質構造の相互作用を予測 DS Protein Families: タンパク質ファミリーでの配列保持パターンを解析 DS Protein Health: モデリング研究や実験データから得られるタンパク質構造の有効性を評価 DS Protein Refine: タンパク質構造のループ領域を最適化 DS Protein Refine: タンパク質構造のループ領域を最適化 DS Sequence Analysis: 対象になる配列と既知タンパク質の配列を比較 |
第一原理 [だいいちげんり] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム COMPASS: バルク状態の高精度な分子計算を目的として最適化された第3世代力場 DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト NMR CASTEP: NMR解析プログラム 磁気共鳴特性を第一原理に基づいて予測 ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム |
窒化ホウ素 [ちっかほうそ] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト Sorption: 吸着性シミュレーションプログラム |
電子実験ノート [でんしじっけんのーと] |
BIOVIA Notebook: 電子実験ノート |
電子密度 [でんしみつど] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール DS X-ray: X線構造解析から得られる複雑なデータの解析を支援 ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
ドッキング [どっきんぐ] |
DS Analysis: MDトラジェクトリを解析 DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 DS Flexible Dockin: 正確な受容体サンプリングと、効率よい特性ベースのドッキングを組み合わせ DS LibDock: 受容体の結合サイトの極性/無極性を使用し、効率のよいドッキングを実行 DS LigandFit: リガンドコンフォーマのサンプリングと、リガンドと結合サイトの形状に基づくドッキングを実行 DS LigandScore: リガンド-タンパク質の相互作用を評価 DS Protein Docking: タンパク質-タンパク質構造の相互作用を予測 DS Protein Refine: タンパク質構造のループ領域を最適化 |
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排除体積 [はいじょたいせき] |
DS Catalyst Hypothesis: ターゲットへの結合に必要な化学的特性や構造的特性の識別が可能 |
波動関数 [はどうかんすうう] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム |
半経験的分子軌道法 [はんけいけんてきぶんしきどうほう] |
VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
バルク [ばるく] |
Amorphous Cell: 複雑な非晶構造モデルを構築し重要な物性を予測 Blends: 液~液、ポリマ-~ポリマー、添加剤~ポリマー系の相図や相互作用パラメータを予測 COMPASS: バルク状態の高精度な分子計算を目的として最適化された第3世代力場 DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール Forcite Plus: 多様な系における分子動力学研究を支援 MesoDyn: 複雑な流体をメソスケールで動力学的にシミュレーション MesoProp: 多成分系やナノ構造材料系のバルク特性を予測 Synthia: 物性予測プログラム |
バンドギャップ [ばんどきゃっぷ] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム |
ファーマコフォア [ふぁーまこふぉあ] |
DS Catalyst DB Build/Search: ファーマコフォアモデルを使用したデータベース DS Catalyst Hypothesis: ターゲットへの結合に必要な化学的特性や構造的特性の識別が可能 DS Catalyst SBP: 創薬プロセスのごく初期の段階で副作用の可能性を把握可能 DS Catalyst Score: データベース検索で化合物を迅速に評価し優先順位付けが可能 DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 DS De Novo Ligand Builder: 創薬ターゲットとなる化合物のリストを迅速に作成 |
分子軌道法 [ぶんしきどうほう] |
Forcite Plus: 多様な系における分子動力学研究を支援 |
分子動力学 [ぶんしどうりきがく] |
DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 Forcite Plus: 多様な系における分子動力学研究を支援 GULP: 力場ベースの格子計算プログラム Mesocite: 粗視化分子動力学と散逸粒子動力学 (DPD) を使用してメソスケール構造をシミュレーション Synthia: 物性予測プログラム VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
ペプチド [ぺぷちど] |
CFF Advanced Class II Forcefield: DNA、RNA、炭水化物、脂質、タンパク質等のモデルを最適化 DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール |
ホウ素 [ほうそ] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト Sorption: 吸着性シミュレーションプログラム Synthia: 物性予測プログラム |
ホモロジー [ほもろじー] |
DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 DS MODELER: ホモロジーモデリングツール DS Protein Refine: タンパク質構造のループ領域を最適化 |
ポテンシャルエネルギー [ぽてんしゃる] |
Conformers: 分子のポテンシャルエネルギー表面を簡単に探索 MesoDyn: 複雑な流体をメソスケールで動力学的にシミュレーション Sorption: 吸着性シミュレーションプログラム VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
ポリマー [ぽりまー] |
Amorphous Cell: 複雑な非晶構造モデルを構築し重要な物性を予測 Blends: 液~液、ポリマ-~ポリマー、添加剤~ポリマー系の相図や相互作用パラメータを予測 CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム Conformers: 分子のポテンシャルエネルギー表面を簡単に探索 Forcite Plus: 多様な系における分子動力学研究を支援 Mesocite: 粗視化分子動力学と散逸粒子動力学 (DPD) を使用してメソスケール構造をシミュレーション MesoDyn: 複雑な流体をメソスケールで動力学的にシミュレーション Mesotek: 複雑流体系研究のための場ベースのシミュレーション法 ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム Synthia: 物性予測プログラム |
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ミジンコ [みじんこ] |
DS TOPKAT: 実験や動物モデルによって化合物の性能を評価可能 |
密度汎関数理論 [みつどはんかんすうりろん] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム NMR CASTEP: NMR解析プログラム 磁気共鳴特性を第一原理に基づいて予測 ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム QMERA: 量子力学計算と分子力学計算のハイブリッド法によるシミュレーションツール VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
メソスケール [めそすけーる] |
Mesocite: 粗視化分子動力学と散逸粒子動力学 (DPD) を使用してメソスケール構造をシミュレーション MesoDyn: 複雑な流体をメソスケールで動力学的にシミュレーション MesoProp: 多成分系やナノ構造材料系のバルク特性を予測 Mesotek: 複雑流体系研究のための場ベースのシミュレーション法 |
誘電率 [ゆううでんりつ] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム |
有機化合物 [ゆうきかごうぶつ] |
COMPASS: バルク状態の高精度な分子計算を目的として最適化された第3世代力場 |
溶媒抽出 [ようばいちゅうしゅつ] |
Blends: 液~液、ポリマ-~ポリマー、添加剤~ポリマー系の相図や相互作用パラメータを予測 |
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リガンド [りがんど] |
DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール DS Catalyst Conformation: コンフォメーションモデルを迅速に算出 DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 DS LigandFit: リガンドコンフォーマのサンプリングと、リガンドと結合サイトの形状に基づくドッキングを実行 DS LigandScore: リガンド-タンパク質の相互作用を評価 DS Ludi: フラグメントライブラリからフラグメントの配置やスコアリングを実行 DS MODELER: ホモロジーモデリングツール DS X-ray: X線構造解析から得られる複雑なデータの解析を支援 Merck Molecular Force Field(MMFF): 高分子とリガンド間のエネルギー特性と相互作用の研究を支援 ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム |
力場 [りきば] |
Amorphous Cell: 複雑な非晶構造モデルを構築し重要な物性を予測 COMPASS: バルク状態の高精度な分子計算を目的として最適化された第3世代力場 Conformers: 分子のポテンシャルエネルギー表面を簡単に探索 DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 DS MODELER: ホモロジーモデリングツール Forcite Plus: 多様な系における分子動力学研究を支援 GULP: 力場ベースの格子計算プログラム Mesotek: 複雑流体系研究のための場ベースのシミュレーション法 Morphology: 結晶の分子構造から結晶形態を予測 Polymorph Predictor: 化合物の構造から直接その多形を予測 QMERA: 量子力学計算と分子力学計算のハイブリッド法によるシミュレーションツール VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
力場パラメータ [りきばぱらめーた] |
CFF Advanced Class II Forcefield: DNA、RNA、炭水化物、脂質、タンパク質等のモデルを最適化 DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 |
立体障害 [りったいしょうがい] |
DS Catalyst Hypothesis: ターゲットへの結合に必要な化学的特性や構造的特性の識別が可能 |
リートベルト [りーとべると] |
Reflex QPA: 混合物中の異なる相の相対的比率を決定 |
レセプター [れせぷたー] |
DS CHARMm Lite: エネルギー最小化を備えたCHARMmのカスタマイズされたバージョン |
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admet [あどめっと] |
ADMET Descriptors: ADMET特性向上のための分子設計支援 |
ab initio [あぶいにしょ] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DS Protein Refine: タンパク質構造のループ領域を最適化 NMR CASTEP: NMR解析プログラム 磁気共鳴特性を第一原理に基づいて予測 VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
AM1 [えーえむわん] |
VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
COSMO [こすも] |
DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
CSD [しーえすでぃー] |
Motif: 分子結晶における水素結合トポロジの情報を分析 |
DNA [でぃーえぬえー] |
CFF Advanced Class II Forcefield: DNA、RNA、炭水化物、脂質、タンパク質等のモデルを最適化 DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール |
DFT [でぃーえふてぃー] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム NMR CASTEP: NMR解析プログラム 磁気共鳴特性を第一原理に基づいて予測 ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム QMERA: 量子力学計算と分子力学計算のハイブリッド法によるシミュレーションツール VAMP: 半経験的分子軌道法プログラム |
DPD [でぃーぴーでぃー] |
Mesocite: 粗視化分子動力学と散逸粒子動力学 (DPD) を使用してメソスケール構造をシミュレーション MesoProp: 多成分系やナノ構造材料系のバルク特性を予測 |
de novo [でのぼ] |
De Novo Evolution: フラグメントの連結や構築により新薬になりうる分子を作成 DS De Novo Ligand Builder: 創薬ターゲットとなる化合物のリストを迅速に作成 DS Ludi: フラグメントライブラリからフラグメントの配置やスコアリングを実行 |
b4c [びーふぉーしー] |
NMR CASTEP: NMR解析プログラム 磁気共鳴特性を第一原理に基づいて予測 |
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gaussian [がうしあん] |
MesoDyn: 複雑な流体をメソスケールで動力学的にシミュレーション |
gga [じーじーえー] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DFTB+: 電子特性研究のための量子シミュレーションソフト DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム |
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NMR [えぬえむあーる] |
DS MODELER: ホモロジーモデリングツール NMR CASTEP: NMR解析プログラム 磁気共鳴特性を第一原理に基づいて予測 |
LST [えるえすてぃー] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム DMol3: 密度汎関数理論(DFT)に基づく量子力学プログラム |
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RMSD [あーるえむえすでぃー] |
DS Analysis: MDトラジェクトリを解析 |
QSTR [きゅーえすてぃーあーる] |
DS TOPKAT: 実験や動物モデルによって化合物の性能を評価可能 |
QM/MM [きゅーえむえむえむ] |
DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 QMERA: 量子力学計算と分子力学計算のハイブリッド法によるシミュレーションツール |
Shellモデル [しぇるもでる] |
GULP: 力場ベースの格子計算プログラム |
td-dft [てぃーでぃーでぃーえふてぃー] |
CASTEP: 密度汎関数理論(DFT)に基づいたab initio(第一原理)量子力学プログラム |
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X線 [えっくすせん] |
Amorphous Cell: 複雑な非晶構造モデルを構築し重要な物性を予測 DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール DS Protein Refine: タンパク質構造のループ領域を最適化 DS X-ray: X線構造解析から得られる複雑なデータの解析を支援 X-Cell: 様々なIndexingの問題を考慮にいれたユニットセル検索が可能 |
velocity scaling [べろしてぃすけーりんぐ] |
DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算 |
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