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WEBで資料請求！DS CHARMm
低分子リガンドから多成分の生体分子複合体まで、分子のエネルギーやダイナミクスを計算
標準的な最小化および動力学の機能と、基準振動計算、相関分析、量子力学および分子力学の複合的手法(QM/MM)等の高度な機能を統合した、高い評価と幅広い支持を得ているシミュレーションパッケージです。
CHARMmは、分子内の原子に関する力場パラメータを量子化学によって作成した力場エンジンを用いていおり、評価の高い力場2-9とその手法により、以下に示す様々な計算を可能にしています。
- 相互作用エネルギー、コンフォメーションエネルギー
- 局所極小値
- 回転障壁
- 時間依存性動力学的挙動
- 振動数
充分に検証されている力場 (CHARMm、charmm27、charmm22、charmm19)や、Poisson-Boltzmann (PB)、Generalized Born、Generalized Born with molecular volume (GBMV)、Generalized Born with simple switching (GBSW)などの溶媒モデルを活用することができます。
水中でのクランビン分子（Na＋とCl－によって総荷電を調整）に関する分子動力学計算（0.20 ps）
Insight II 2005の新機能であるParticle Mesh Ewald法を用いることで，遠距離の静電相互作用の正確な取り扱いが可能となりました。タンパクの放射状分布関数の計算には DeCipher moduleを用いました。
分子力学と分子動力学
- アルゴリズム：steepest descents、conjugate gradient、Powell、Newton-Raphson、adopted basis-set Newton-Raphson
- 収束判定基準：RMS勾配、ステップサイズ、エネルギー変化
- Langevin Dynamics
- Stochastic boundary Dynamics
- 等温や等圧のDynamics
- Verlet
- leapfrog
- velocity Verlet
- Multiple time step algorithms
- Velocity scaling
- Berendsen temperature bath
- Nose-Hoover dynamics
- fixed atom
- harmonic atom
- dihedral
- internal coordinatev
- distance
- SHAKE
- quartic droplet constraints
- switching/shifting function
- グループベースカットオフ設定
- 極性を持つ水素を含むすべての原子モデルをサポート
- 特異な分子や残基に対するパラメーターセットおよびトポロジーファイル修正
- 分子構造への水素付加
解析オプション
- 構造
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- 強力な座標操作コマンド：剛体RMS比較、再配置、質量重み、回転半径の計算、スケーリング
- 内部座標分析のための強力なコマンド
- 分子体積と分子表面の計算
- 溶媒平滑化プロパティ計算
- 動力学軌跡を用いた相関関数分析
- コンフォメーション変化のような与えられた軌跡に対する反応座標の特定
- エネルギー特性
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- あらゆる2原子間の相互作用エネルギー
- 水素結合エネルギー
- 基準振動解析
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- 原子や内部座標（internal coordinates）のゆらぎの分析
- 1つないし2つのモードでのエネルギー表面の探索
- あらゆる対象性の空間群をもつ結晶の解析
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