Discovery Studio　研究用途別パッケージ

DS Standard Base

シミュレーション、ドッキングを行うための基本的な構成です。非常に信頼性の高いCHARMmシミュレーションエンジンと組み合わせ、DNAやポリペプチドの構築、タンパク質のシミュレーションの実行とトラジェクトリーの解析、低分子とのドッキングシミュレーションを行うことができます。2D描画ツールもバンドルされています。

DS Standard Baseパッケージには、下記のモジュールが含まれます。

DS Standard LigandDesign（DS Standard Base＋ファーマコフォア＋毒性＋QSAR）

ファーマコフォア(薬理活性集団）モデリングおよび3Dデータベース解析として、既知の活性リガンドからファーマコフォアモデルを作成し、数十万～数百万件の化合物DB から検索が可能。毒性予測や構造活性相関モデルの構築ができます。

DS Standard Baseに加え、下記のモジュールをパッケージ。

DS Standard SBD（DS Standard Base＋ファーマコフォア＋ドッキング＋denovo）

タンパク質と低分子化合物とのドッキングにご利用を頂けます。

• ハイスループットドッキング：数百～数千の低分子化合物ライブラリに対して、高速にドッキングシミュレーションを行います。
• フレキシブルドッキング：側鎖のフレキシビリティを考慮してドッキングを行うことが可能。全自動でフレキシブルドッキングを数十から数百のドッキングをカバー。
• De novo アルゴリズムにより全く新規の活性化合物を自動的に構築

DS Standard Baseに加え、下記のモジュールをパッケージ。

DS Standard Protein

ホモロジーモデリングを行うためのモジュール群を装備してます。BLAST によるテンプレートファイルの検索から自動ホモロジーモデリング、作成された構造の評価を行うことができます。
X 結晶データから分子構造モデルを作成し、CNX/CNS 形式(.map) で結晶構造の電子密度マップを作成します。

DS Standard Baseに加え、下記のモジュールをパッケージ。