エネルギー最小化を備えたCHARMmのカスタマイズされたバージョン
DNA、RNA、炭水化物、脂質、タンパク質などのモデルを最適化
タンパク質構造のループ領域を最適化
タンパク質ファミリーでの配列保持パターンを解析
タンパク質構造の評価
タンパク質-タンパク質構造の相互作用を予測
タンパク質上の凝集しやすい部位の大きさと場所を特定
CHARMm の正確な受容体サンプリング能力と、効率のよい特性ベースのドッキングを組み合わせ
モンテカルロ法によるリガンドコンフォーマのサンプリングと、リガンドと結合サイトの形状に基づくドッキングを実行
受容体の結合サイトの極性/無極性(ホットスポット)を使用し、効率のよいドッキングを実行
充分に検証され、洗練されたスコアリング関数とその個々の記述子で、リガンド-タンパク質相互作用を評価
フラグメントライブラリからフラグメントの配置やスコアリングを実行
新薬になりうる分子を作成
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ターゲットへの結合に必要である基本的な化学的特性や構造的特性の識別が可能
創薬プロセスのごく初期の段階で副作用の可能性を把握可能
コンフォメーションモデルを迅速に算出
データベース検索から化合物を迅速に評価し、優先順位を付けることが可能
受容体の活性サイトによる三次元の空間的制約を満たすことのできる化合物を見出すことが可能
ファーマコフォアを使ってフラグメントの配置を導き出す
Inte:Ligand 社の高品質ファーマコフォアモデルを使用したデータベース
活性と相関関係にある、多数の分子記述子に簡単にアクセス
ホモロジーモデリングツール
化学ライブラリ設計に特化した、類似性と多様性とを兼ね備えた完全なクラスタリング手法を備えたツール群
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