回転運動半径(Radius of gyration)の計算、動径分布関数やトラジェクトリのクラスタリングによる直感的で簡単な操作で、MDトラジェクトリを解析することができます。トラジェクトリのクラスタリングでは、デンドログラムのプロットや主成分解析、Phi-Psi角の経時変化からクラスタを選択することができます。RMSDや水素結合、多数のドッキング済みリガンドに近接しているアミノ酸残基を手間を掛けずに計算することができます。Protein Healthツールパネルを使用すると、タンパク質構造を確認し、異常のある領域を解析することができます。MODELER DOPE (Discrete Optimized Protein Energy)エネルギー関数に基づいて、モデルの質を評価することができます。
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