DS Biopolymer

巨大分子構造の構築と編集

DS Biopolymerでは、ペプチド・タンパク質・核酸(DNAおよびRNA)の構造の迅速な構築および修飾が可能です。

ペプチドおよびタンパク質の構造

• 残基の追加、置換、消去により、ポリペプチド構造を簡単に組み立て、編集することができます。
• ユーザーが検討している構造に対して、電荷や原子半径の設定および中性あるいは荷電したN-末端、C-末端の作成が可能です。
• 様々な標準ヘリックス構造あるいはβストランドを適当な残基範囲に適用することにより、二次構造を作成することができます。
• phi角とpsi角を指定することにより、非標準のターン構造を望んだ位置に挿入することができます。
• 不完全な側鎖・不適切な結合および結合次数などの、タンパク質の構造上の間違いを修正することも可能です。
• タンパク質のレポートおよび疎水性プロットを作成するツールが装備されています。

核酸構造

• 標準らせんパラメータを使い、A-、B-、Z-型の一重・二重・三重らせんのDNA分子を迅速に作成することができます。
• 一重あるいは二重らせんのRNAおよびA型のDNA:RNAハイブリッド分子は、標準のらせんパラメータを使って構築することが可能です。
• 様々な標準ヘリックス構造あるいはβストランドを適当な残基範囲に適用することにより、二次構造を作成することができます。
• 二つの核酸分子を繋げることができます。
• Capping/Primesボタンのような核酸末端処理を行うことができます。

構造最適化および分子動力学計算の準備にて、DS Biopolymerを使ってDNA二本鎖を作成しタイプ割り当てた。

静電場解析

低分子から巨大分子までの静電ポテンシャルおよび溶媒和エネルギー計算のための強力かつ多目的なPoisson- Boltzmann静電場シミュレーションプログラムであるDelPhi をDS Biopolymerにて利用することができます。形状および静電特性は低分子および巨大分子の機能を決定付けることがしばしばあります。DS Biopolymerは、不適切な誘電モデルあるいは具体的な溶媒を使用することなく、このような特性の検証のための洗練されたツールを装備しています。溶媒が存在するか否かの影響が考慮され、どちらの場合においても巨大分子の静電ポテンシャルの計算が結果的に異なる可能性があります。

X-ray解析ツール

DS Biopolymerには、検証中のタンパク質モデルとリガンドを指定したタンパク質-リガンド複合体の電子密度マップ中に自動的にフィットするツールが装備されています。

タンパク質表面に表示したPoisson-Boltzmann静電ポテンシャル。正(青)、中性 (白)および負(赤)で範囲を示す。