分子シミュレーション＆インフォマティクス 用語解説

リガンド  [りがんど] [ligand]

特定の受容体（レセプタ）に特異的に結合する物質。リガンドは、受容体の中のある決まった部位(リガンド結合サイト)に特異的に結合する。

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「リガンド」に関連する分子シミュレーションソフト

DS Biopolymer：タンパク質モデリングツール

DS Catalyst Conformation：コンフォメーションモデルを迅速に算出

DS CHARMm：分子のエネルギーやダイナミクスを計算

DS LigandFit：リガンドコンフォーマのサンプリングと、リガンドと結合サイトの形状に基づくドッキングを実行

DS LigandScore：リガンド-タンパク質の相互作用を評価

DS Ludi：フラグメントライブラリからフラグメントの配置やスコアリングを実行

DS MODELER：ホモロジーモデリングツール

DS X-ray：X線構造解析から得られる複雑なデータの解析を支援

Merck Molecular Force Field(MMFF)：高分子とリガンド間のエネルギー特性と相互作用の研究を支援

ONETEP：大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム