分子シミュレーション＆インフォマティクス用語解説

分子動力学 [ぶんしどうりきがく] [molecular dynamics]

分子は実際にはゆらいでいて様々な構造を取る。分子動力学法は、その動的な構造を原子一つ一つの位置や運動をNewtonの運動方程式を解くことで求める。分子動力学法シミュレーションは、モンテカルロ法とともに統計力学の補助的な手法として計算機の進歩とともに急速に発展した。

「分子動力学」に関連する分子シミュレーションソフト

DFTB+：電子特性研究のための量子シミュレーションソフト

DS Biopolymer：タンパク質モデリングツール

DS CHARMm：分子のエネルギーやダイナミクスを計算

Forcite Plus：多様な系における分子動力学研究を支援

GULP：力場ベースの格子計算プログラム

Mesocite：粗視化分子動力学と散逸粒子動力学 (DPD) を使用してメソスケール構造をシミュレーション

Synthia：物性予測プログラム

VAMP：半経験的分子軌道法プログラム