分子シミュレーション＆インフォマティクス 用語解説

ドッキング  [どっきんぐ] [docking]

化合物の標的タンパク結合部位への重ね合わを行うこと、もしくはその技術。

「ドッキング」に関連する分子シミュレーションソフト

DS Analysis：MDトラジェクトリを解析

DS CHARMm：分子のエネルギーやダイナミクスを計算

DS Flexible Dockin：正確な受容体サンプリングと、効率よい特性ベースのドッキングを組み合わせ

DS LibDock：受容体の結合サイトの極性/無極性を使用し、効率のよいドッキングを実行

DS LigandFit：リガンドコンフォーマのサンプリングと、リガンドと結合サイトの形状に基づくドッキングを実行

DS LigandScore：リガンド-タンパク質の相互作用を評価

DS Protein Docking：タンパク質-タンパク質構造の相互作用を予測

DS Protein Refine：タンパク質構造のループ領域を最適化